Взятие Константинополя венецианцами и их союзниками в 1204 г. и перемещение византийского двора, вплоть до 1261 г., в Никею означало время приостановки культурного развития империи. Император Иоанн Дука Ватац (1222-1254) учредил в Никее школу философии, которую сначала возглавлял Никифор Влеммид (1197-1272). Он был послан во Фракию, в Македонию, на гору Афон и в Фессалию, в частности, с целью купить драгоценные рукописи, а при необходимости сделать с них копии. Никифор писал сочинения на научные и философские темы, которые использовал как учебные пособия. Прекрасными примерами таких учебных пособий являются его логика, вдохновленная Исагогой Порфирия, и краткий курс физики.
После того как, в 1261 г., Константинополь был отвоеван византийскими войсками, "университет" был восстановлен. Но в царствование Андроника II Палеолога (1282-1328) признаки необратимого экономического и политического упадка становились все более очевидными, хотя парадоксальным образом именно тогда культурная жизнь достигла беспрецедентно высокого уровня. Среди первенствующих ученых эпохи династии Палеологов наиболее значимая фигура - Максим Плануд (ок. 1255 - ок. 1305). Его интересы простирались на все области тривиума и квадривиума. Более того - явление, исключительное для этой эпохи, - его знание латинского языка позволило ему осуществить перевод многих текстов, созданных на Западе. Среди современников Максима Плануда, представляющих меньший интерес, чем он сам, следует упомянуть Софония, опубликовавшего парафразы сочинений Аристотеля; Мануила Мосхопула (род. ок. 1265); Димитрия Триклиния (род. ок. 1316-1319); Георгия Пахимера (1242-1310), который, будучи в равной мере склонным и к платонизму, и к аристотелизму, написал в платоническом духе Парафраз Дионисия Ареопагита (ок. 1280) и продолжение принадлежащего Проклу Комментария на вторую часть платоновского Парменида, а в аристотелевском духе - Эпитому философии Аристотеля в двенадцати книгах и, около 1300 г., Тетрабиблос, иначе Quadnvium, или Трактат о четырех науках. Георгию Пахимеру мы обязаны также копией Комментария Прокла к Алкивиаду I Платона и сокращенным изложением сочинения Боэция De differentiis topicis, ранее переведенного с латинского языка на греческий Мануилом Холоволом.