Как и следовало ожидать в случае армии, о которой выжило относительно мало документальных свидетельств, можно реконструировать военную иерархию Селевкидов только для высшего ранга и она не опускается ниже командных должностей независимых контингентов. Ничего кроме званий (которые предположительно были эквивалентны тем, которые использовались в других эллинистических армиях) не известно о нижестоящих командирах; никакие данные не доступны об их идентичности, происхождении, национальности и системе поощрений. В этом отличие от относительно обширной информации об армии Птолемев, поставляемой птолемеевскими документами. Тем не менее, мы мало что знаем о кадрах высших военачальников, что могло бы внести свой вклад в наше понимание причин превосходства Селевкидской военной организации над системой Птолемеев.
Верховное командование в основных кампаниях обычно проводилось самим царем: Селевк I при Ипсе, Киррестике и Курупедионе; Антиох I против Галатов; Антиох III против Молона, в Четвертой Сирийской войне (Селевкия, Порфирион, Рабатамана, Рафия), против Ахея (Сарды), в экспедиции в верхние сатрапии, в Первой Сирийской войне (Газа, Панион) и в Римской войне (Фермопилы и Магнесия); Антиох IV в его экспедиции в Египет и на восток; Деметрий I против Александра Баласа и Антиох VII Сидет в его походе против парфян. В исключительных случаях, когда местность препятствовала ему сражаться среди конной гвардии, мы находим царя довольствующегося прямыми действиями за линий фронта или на ее периферии, как это было у Порфириона, Селевкии, Рабатаманы, Сарда и Елбурза. Время от времени он руководил одним из флангов, как правило традиционно более престижным правым, как например в битвах против Молона, при Рафии, Фермипилах и Магнесии, но чаще принимали личное командование штурмовыми отрядами, в основном кавалерийскими, как например при Киррестике, Рафии, в Бактрии и при Магнесии. Несмотря на то, что активное участие царя в сражении не давало ему возможности следить за тактическими перипетиями и часто на практике вело к полной утрате контроля над своими контингентами (факт, который привел к катастрофе при Рафии и Магнесии), их непосредственное участие в реальных боевых действиях, конечно, высоко поднимало дух войск и укрепляло у солдат-поселенцев чувство идентификации с короной. В отличие от пресловутой женоподобной репутации некоторых монархов Птолемеев, которые лишь в редких случаях стояли во главе своих войск лично, хотя, конечно, Селевкиды, действуя таким образом, следовали примеру всех греческих и почти всех македонских командиров.
Царя иногда заменяли в качестве верховного командующего армией или экспедиционных сил различные другие должностные лица: наместник и регент Лисий в двух походах в Иудею; царевич Селевк при осаде Пергама 191 г. до н. э.; Ахей, дядя Селевка II, и его сын Андромах против Антиоха Гиеракса; наместники провинций подобно Бакхиду в Иудее; и даже профессиональные солдаты, такие как Ксеноит Ахеец, Ксенон и Феодот Гемиолиос в кампании против Молона.
Вопрос терминологии верховного командования обсуждался несколькими учеными. Отто и Бенгтон предположили, что "войсковой шеф-секретарь" (ἀρχιγραμματεὺς τῶν δυναμέων) был начальником штаба, но из доказательств, предоставленных по этой должности в армиях Александра и Птолемеев, следует, что он, по-видимому, скорее всего был общим администратором, офицером, отвечающим за финансы, связанные прежде всего с выплатой жалования, и т. д. И в самом деле, если ситуация была обратной, назначение Тихона, бывшего "шеф-секретарем", сатрапом "провинции Красного Моря" (Polyb. 5.54.12), было бы значительным понижением в должности. Еще более решающим доказательством является недавно обнаруженная надпись, подразумевающая, что губернатор Келесирии во времена великого похода Антиоха IV прежде был "войсковым шеф-секретарем". Это, по-видимому, показывает, что когда армия прошла его провинцию, секретарские обязанности как офицера, ответственного за финансы и персонал были завершены. Важно отметить, что шеф-секретарь в придворной иерархии был не выше "первых друзей", против чего выступает предположение Отто и Бенгстона.
Бенгстом продолжал утверждать, что командиры Селевкидов, которые были назначены в независимые экспедиции, официально назывались στρατηγοὶ τοῦ βασιλέως чтобы отличать их от обычных strategoi. Но этот оборот употребляется Полибием (5.42.5, 45.2, 50.8) только в связи с восстанием Молона и киррестийцами, который, очевидно, использует его в первую очередь как литературный вариант двух царских генералов, посланных против Молона, Ксенона и Феодора (42.5, 43.7), и который позже пишет "один из царских генералов", потому что он или не знает вообще кто имеет дело с киррестийцами, или, возможно, для того, чтобы отличить лояльных командиров борющихся против повстанцев. Точно также стратег-автократор, примененное к Ксеноиту (id. 5.45.6), не отражает официальную терминологию в смысле обозначающем особую категорию стратега. Титул больше нигде не встречается в контексте Селевкидов и в этом контексте совершенно ясно означает, что два стратега, Ксенон и Феодот, уже находящиеся в этой области, должны были подчиниться Ксеноиту по его прибытии. В вероятно аутентичном официальном документе, вставленном в II Macc., Антиох IV сам себя называет "царь и стратег" в письме, отправленном евреям из восточного похода (9.19), и мы можем предположить, что верховный главнокомандующий был известен просто как "стратег", хотя на это звание назначались также должностные лица.
Имена командиров отдельных контингентов перечислены в отчета Полибия о Рафии, но встречаются лишь случайно в рассеянных ссылках на другие кампании. Помимо местных шейхов и династов, например араб Забдиел и мед Аспасиан при Рафии (Polyb. 5.79.7,8,11), Иоанн Гиркан в походе Антиоха VII (Jos. Ant. 13.251), которые командовали своими традиционными контингентами, кадры высшего командования Селевкидов включали, в дополнение к членам царской семьи, которые, как правило, отвечали за фланги, генералов разных национальностей, в основном греков и высокопоставленных македонян. Во-первых, теоретически могли быть греки, которые обосновались в Азии и сохранили свое греческое гражданство, таким же образом как греческая клерухия в Египте, но дезертирство большого их числа из египетской армии во время Четвертой Сирийской войны, дает основания полагать, что по крайней мере некоторые из них были опытными профессиональными военными из греческого мира, которые служили разным хозяевам. Бывшими офицерами Птолемеев, которые сразу получили руководящие должности в армии Селевкидов, были Феодот и Николай этолийцы, Лагор критянин, Гирролох фессалиец и Птолемей, сын Менесфея. Другими видными фигурами среди наемников были Ксеноит ахеец, который возглавлял вторую кампанию против Молона, Менедам из Алабанды и Лисимах из Галатии при Рафии, Никомед из Коса и наварх Поликсенид из Родоса в анабасисе Антиоха III. В то время когда высшее командование Птолемеев, по-видимому, полностью зависело от таких наемных генералов (e. g. Polyb. 5.63-64.5), значительное число Селевкидских командиров, как можно предположить, были македоняне, взятые из небольшого круга верхушки македонского придворного дворянства (e. g. ibid. 82.8,13), и, по крайней мере, некоторые из них, возможно, выслужились из числа рядовых - сыновей македонских поселенцев - служивших в гвардии. Некоторые командиры, безусловно, были македонянами: Лисий и его потомки, которые служили Селевкидам в течение нескольких поколений, Биттак при Рафии, Зевксис против Молона и при Магнесии, Менипп во время греческого похода Антиоха III, Андроник под Ефесом в 190 г. до н. э., и Трифон, военный поселенец Селевкидов, который служил Александру Баласу и Деметрию II до утверждения себя на троне. Неспособность Полибия указать гражданство нескольких других командиров, что не является обычной практикой, когда речь идет о наемниках, дает возможность предположить, что они были "местные", т. е. македоняне, которые выросли в империи Селевкидов, такие как Ксенон против Молона, Диокл при Порфирионе, Никарх и Феодот Гемилиос при Порфирионе, Филадельфии и Рафии, Гермоген и Диогнет при Селевкии, Ардис против Молона, при Селевкии и под Сардами в 197 г. до н. э., Фемисон и Еврилох при Рафии, Диоген в области Елбурза, Мендис и Филипп "элефантарх" при Магнесии. Отсутствие организации аналогичной Селевкидским аргираспидам в армии Птолемеев препятствовало появлению "внутренних" кадров опытных военнослужащих и привело к абсолютной зависимости Птолемеев от ненадежных высокопоставленных офицеров, которые сдавали в аренду свои мечи за самую высокую цену.
Существует несколько причин полагать, что служба наемных командиров не была нормальным положением дел, а так же то, что относительно большое количество этих командиров зарегистрировано источниками, есть просто следствие факта, что охват первого периода царствования Антиоха III лучше сохранился. Число наемных офицеров могло быть увеличено во время Четвертой Сирийской войны из-за притока перебежчиков от Птолемеев, которые хорошо были знакомы с Палестиной и со своей прежней армией. Другими причинами роста были пошатнувшаяся уверенность в военных поселенцах, принявших участие в восстании Молона, и одновременное восстание в Киррестике и то, что при начале Четвертой Сирийской войны, по крайней мере, когда непопулярный Гермий доминировал при дворе, македонская знать была против него и поэтому ей нельзя было доверять в военных предприятиях. Македоняне, по-видимому, вернулись к своей прежней позиции в кампаниях первого десятилетия II века до н. э. и сохраняли ее в бурные дни Антиоха Епифана. Обида македонян на Деметрия II в связи с введением наемников на командные должности, возможно, была не меньше, чем роспуск им македонской гвардии.
Как и в аналогичной по структуре армии Александра, командиры независимых контингентов, по-видимому, были подчинены непосредственно царю и верховному главнокомандующему. Хотя не было никаких официальных титулов, чтобы выделить старших офицеров, несомненно была определенная иерархия среди них, которая определяла их назначение в различные контингенты. Заключение Биккермана и Бенгтсона, что не было никакого Cursus honorum среди старших офицеров Селевкидов, и что они выбирались случайным образом царем, является непрактичным и беспрецедентным. Доказательства, представленные Биккерманом, чтобы проиллюстрировать круговорот командиров от весьма важных контингентов к небольшим и вспомогательным подразделениям и наоборот, не выдерживают критической проверки: хотя это правда, что Гипполох фессалиец имел под своей командой только 400 всадников, когда он дезертировал, а его участие в командовании 5 000 пехотинцев спустя короткое время не обязательно означает внезапное продвижение: мы не можем сказать, представляли ли эти 400 всадников все силы под его командованием в армии Птолемеев или его вклад в командование войсками фактически ограничивался этим самым числом кавалерии, - эта информация была опущена в сжатом тексте Полибия (5.70.11, 71.11, 79.9). В любом случае, 400 всадников - тактический эквивалент 5 000 пехоты. Феодот этолиец, бывший стратег Птолемеевой Келесирии, не был конечно понижен, когда ему было поручено командование при Рафии 10 000 аргираспидов (id. 5.40.1, 79.4), цветом армии Селевкидов. Лагор критянин, который возглавлял отборные войска, среди них самого Феодота и других старших офицеров, в смелом нападении на Сарды (id. 7.16.2), не заменял Феодота, как думает Биккерман. Стратагема была разработана Лагором (ibid. 15.2ff), и поэтому задача была возложена на него. Поликсенид родосец, опытный наварх Антиоха III, имел только 2 000 критян под своей командой на Ельбурзе (III. 10.29.6), но с учетом важной роли "приманки", старший офицер его ранга, несомненно, был нужен, чтобы возглавить эту опасную авантюру. Антипатр, племянник Антиоха III, был командиром правого крыла при Рафии, который начитывал 4 000 всадников (id. 5.79.12), тогда как Полибий в своем обсуждении Зеноновой версии Паниона упоминает "тарантинцев Антипатра" (16.18.7), контингент, который обычно насчитывал несколько сотен, но при Магнесии он был восстановлен в командовании гораздо большего фланга (Livy 37.41.1). Его позиция при Панионе не должна быть истолкована как неудача в карьере: вполне возможно, что Антипатр был ответственен за promachoi, которые включали в себя тарантинцев, легкую пехоту и слонов, развернутых между ними. Тарантинцы были обозначены как "при Антипатре", либо потому, что он лично сражался среди них, либо потому, что он был бессменным командиром этого подразделения даже в мирное время (см. ниже о постоянной армии в мирное время). Переход от командования 4 000 всадников к командованию почти сотней слонов и их охраной из легкой пехоты ни в коем случае не понижение в должности. Напротив, совершенно очевидно, что Антипатр был повышен в течение семнадцати лет между Рафией и Панионом. Точно также в современных армиях командир полка "мобильной пехоты" имеет в своем распоряжении гораздо больше солдат, чем командир танкового полка, хотя оба имеют одинаковое положение. Значимость командира слонов хорошо иллюстрируется на примере Филиппа "элефантарха", который фактически командовал фалангой при Магнесии (Livy ibid.; App. Syr. 33(170)), вероятно потому, что слоны были разбросаны в центре и на флангах. Это может выглядеть на первый взгляд как будто Никанор "элефантарх", который был назначен губернатором провинции в Иудею в 163-162 г. до н. э. (II Macc. 14.12), был фактически понижен в должности, но следует иметь в виду, что все слоны Селевкидов были за несколько месяцев до этого уничтожены, и что Селевкиды стали одержимы еврейской проблемой, и, возможно, пытались найти радикальное решение, назначение опытного и в высоком звании солдата губернатором. (Но, возможно, он был командиром только 16 слонов (см. Asclep. 9.1).)
Получается тогда, что хотя существовала определенная иерархия среди старших офицеров, командиры не повышались или понижались в должности в одну ночь, но произошел значительный сдвиг персонала между командованием различными контингентами и другими военными обязанностями. В дополнение к примерам, упомянутым выше, самым выдающимся является случай Никарха, который служил в той же экспедиции поочередно и как боевой командир легко-вооруженных войск, которые занимали Бейрутский проход, и как "комендант лагеря" тяжелой пехоты, которая потом была оставлена в тыл (Polyb. 5.68.9,11). Забытый принцип этих назначений может быть раскрыт путем сравнения с практикой "чрезвычайных назначений", распространенной в современных армиях, основанной главным образом на резервных войсках. В мирное время старшие офицеры Селевкидов занимались кадровыми обязанностями, командованием гвардией и регулярной армией, а также в качестве провинциальных гражданских и военных губернаторов, облаченных руководством местными резервными войсками, гвардейскими подразделениями, и наемниками в гарнизонах. Во время войны, когда размер армии удваивался и утраивался путем добавления военных поселенцев, наемников и вспомогательных войск, командиры назначались на гораздо большие контингенты, но, как уже говорилось, иерархия более или менее соблюдалась и чрезвычайное назначение командира было примерно равноценно его обычному званию.
Данные о старших командирах не предлагают большую помощь в определении их официальных званий. Только три термина встречаются более одного раза в источниках: стратег, гегемон и гиппарх. Биккерман высказал мнение, что стратег означает офицера, командующего тактически независимой единицей (вероятно, "контингентом"), тогда как гегемон и гиппарх означают всякого другого пехотного или кавалерийского офицера в военной иерархии как в армии Александра. Но мы можем, возможно, быть более точными и различать, по крайней мере, эмпирически, три вариации трех терминов: "генерал" в военном смысле применялся к старшим командирам и младшим офицерам, более специфический военный смысл означал официальное звание некоторых офицеров, а в терминологии провинциальной администрации - должностных лиц, ответственных за местные войска и гарнизоны.
Первое применение этого термина является общим особенно в посвящениях, церемониальных оборотах, речах и т. д. Царь обращается к армии, или армия представляет себя, как "стратеги, гиппархи, гегемоны и солдаты", а именно: старшие командиры, офицеры (кавалерии и пехоты), и рядовые солдаты. Эта же фраза обычно применялась и в других эллинистических армиях. Селевкидская армия или некоторые из ее подразделений представлена таким образом в посвящении военных поселенцев Фиатиры (только гегемоны и солдаты), в письме Антиоха III к армии относительно неприкосновенности местного святилища Амизона, и в папирусе Gurob, который подсчитывает урон от египетского нашествия на Селевкию и Антиохию. Поскольку Фиатира, как и другие военные поселения в Малой Азии, не могла обеспечить больше нескольких десятков солдат, термин гегемон, по-видимому, применялся для самых нижних чинов, плоть до командира ряда (лохага).
Второе более узкое применение термина стратега как командира strategia, гегемона как командира хилиархии, а гиппарха как командира гиппархии. Среди стратегов, обозначенных Бенгтсоном как командиры стратегии, только Трифон занимал положение по службе в качестве командира стратегии при Деметрии II (Jos. Ant. 13.131). Термин гегемон применялся в армии Антигонидов, а также, возможно, в Птолемеевой, к хилиарху, командиру пехотного подразделения численностью 1 000 человек. Единственное вероятное использование этого термина в армии Селевкидов относится к Амактиону, гегемону basilike ile в Анкире, численностью в 1 000 всадников (Polyaenus 4.9.6). Будучи ответственным за независимое подразделение, он назывался бы стратегом, если бы применялась "общая" терминология. По тем же причинам, кажется, что термин гиппарх, примененный в соответствии с Антисфеном к Боуплагу, кавалерийскому командиру Антиоха III при Фермопилах (FGrH 257.f.36 p.1174) на самом деле подразумевал, что он командовал гиппархией, которая обычно насчитывала 512 всадников, возможно, 500 в Селевкидской кавалерии, которая принимала участие в битве при Фермипилах (Livy 36.15.4).
В провинциальной администрации, по крайней мере во времена Антиоха III, обозначал сатрапа, и возможно даже наместника низшего ранга, подобно гиппарху и меридарху, которые отвечали за местные резервные войска и гарнизоны. Слово гегемон возможно применялось в этом контексте к командирам цитаделей и гарнизонов как в Египте Птолемеев (e. g. PCZ 59004), и возможно также в Македонии Антигонидов. Посвящение Сузам от "Леона, подчиненных ему гегемонов и войска", датируемое временем Селевка III (SEG VII.4), может быть истолковано следующим образом: Леон был возможно сатрапом Сузианы, проживающим в Сузах, а гегемоны под ним, возможно, были командиры различных крепостей в провинции и необязательно младшие офицеры крепости в Сузах, как обычно предполагается. Все это, возможно, применимо к гегемонам, перечисленным с сатрапами в папирусе Gurob (Holleaux III.288 ℓℓ.20-1), хотя по общему признанию, в обоих случаях эти офицеры, возможно, упомянуты как гегемоны не в качестве комендантов крепостей, но как офицеры низших рангов.