Сочинения Аристотеля продолжали изучаться неоплатониками, которые прибегали к ним, в первую очередь, чтобы вооружиться логическим аппаратом и чтобы объяснить чувственный мир, противопоставленный миру умопостигаемому. Но влияние Аристотеля распространялось и на представления о сфере умопостигаемого. Как было показано выше, аристотелевское учение о деятельном уме и понимание бога как мышления, мыслящего само себя, сыграло определяющую роль у Плотина. Кроме того, благодаря включению трудов Аристотеля в программу неоплатонических школ в Афинах и в Александрии у большинства крупных мыслителей-платоников возник интерес к аристотелевским проблемам и к их специальному изучению. По всем этим причинам нельзя говорить в строгом смысле о растворении аристотелизма в платонизме. Более того, обильные исследования, проводимые неоплатониками для установления согласия между различными философскими системами, с одной стороны, и между философскими и религиозными традициями - с другой, требовали, чтобы так или иначе сохранялась специфика каждой из рассматриваемых систем.
В качестве доказательства можно привести Исагогу Порфирия, т. е. Введение (Eisagōgē) к "Категориям" Аристотеля. Это сугубо школьное сочинение, написанное в Сицилии по просьбе одного ученика, подготавливало к чтению трудов Аристотеля. Оно задумано как исключительно логическое, так как Порфирий трактует здесь только о роде, виде, видовом отличии, собственном и привходящем признаках, задаваясь вопросом об их общих чертах и различиях, - а эти предметы затрагиваются в Топике. У Порфирия уже упоминается проблема универсалий, однако ее рассмотрение отложено. Этот небольшой трактат, который читали, переводили и толковали на протяжении более чем тысячелетия, воспринимался как одна из самых необходимых книг для понимания Аристотелевой логики.
С конца V в. толкование трудов Аристотеля приобрело "кодифицированную" форму, так что их уже нельзя было изучать, не включая в cursus, установленный в неоплатонических школах. Этот cursus начинался с изучения сочинений и философии Аристотеля. Но прежде учащийся должен был прочесть Исагогу Порфирия - для ознакомления с логической терминологией Аристотеля. Часто преподаватель предварял чтение Исагоги разъяснениями относительно философии вообще.
После Исагоги Порфирия ученик читал свой первый трактат Аристотеля - Категории. И, поскольку в то время было принято, чтобы более или менее систематическое издание сопровождалось жизнеописанием автора, чтению Категорий предшествовало чтение биографии Аристотеля, а также знакомство с перечнем его сочинений и с их классификацией. Затем учащимся предлагалось специальное введение в Категории. Введение это состояло из десяти пунктов, перечень которых, по Давиду (Элиас. In Cat., p. 107. 24-26), восходит к Проклу:
1) Каким образом и согласно каким принципам философские течения получили свои наименования?
2) Какова классификация сочинений Аристотеля?
3) С чего надо начинать изучение сочинений Аристотеля?
4) Какова цель философии Аристотеля?
5) Каковы средства достижения этой цели?
6) Какой способ выражения применяется в сочинениях Аристотеля?
7) Почему Аристотель прибегал к неясному способу выражения (в своих философских трактатах)?
8) Какими качествами должен обладать комментатор?
9) Какие качества требуются от слушателя?
10) Сколько главных пунктов необходимо рассмотреть в каждом трактате Аристотеля в первую очередь, каковы они и каково их обоснование?
Только после этого можно было начинать чтение собственно комментария к Категориям, за которым следовали комментарии к трактату Об истолковании и к Первой Аналитике.
Античный комментарий слушали или читали вместе с комментируемой книгой. Это значит, что один экземпляр толкуемого сочинения был в руках учителя, а слушатель или читатель мог взять манускрипт в библиотеке школы. Толкование неуклонно следовало за текстом. Оно включало два момента: общее предварительное обсуждение доктрины (theōria или protheōria) и обсуждение смысла использованных терминов (exēgēsis tes lexeōs). Полагают, что комментарий делился на части, каждая из которых требовала для прочтения перед аудиторией около часа. Эти часовые части соответствовали лекциям, или урокам (называвшимся praxis).
Затем переходили к изучению Платона. После изложения биографии Платона читалось введение в платоновскую философию, после чего занимались подробным комментированием двенадцати платоновских диалогов: Алкивиад I, Горгий, Федон, Кратил, Теэтет, Софист, Политик, Федр, Пир, Филеб, Тимей и Парменид. Комментирование каждого из диалогов должно было, по примеру комментирования сочинений Аристотеля, предваряться рассмотрением восьми вопросов:
1) Драматургия диалога.
2) Действующие лица диалога, их символическая интерпретация.
3) Общая тема или цель диалога.
4) Место диалога в последовательности чтения.
5) Значение диалога.
6) Стиль или стили, применяемые в диалоге.
7) Деление диалога на части, или рубрики.
8) Форма беседы в диалоге.
Такова была программа обучения в неоплатонических школах в Афинах и в Александрии. Она учитывала нововведения Ямвлиха и особенно Дексиппа.